מצוות אלו התקיימו באופן מצומצם או לא בכלל בימי הבית הראשון והתפתחו בימי הבית השני. לפני רפורמת חז"ל בשלהי ימי בית שני , היהדות הייתה דומה לסגנון היהדות שהשתמר אצל יהודי אתיופיה. בין בסגנון הלבוש, שמירת השבת והחגים, ובין בסגנון בית התפילה הדומה למקדש. גם אם נניח שמצוות תפילין מזוזה וציצית היו מצויים הם לא נהגו כדבר המחייב כל יהודי בכל מקום, אלא נהגו באופן יחסית נדיר ובלתי מוגדר. (גלעד טפרסהון רדא)
מצוות אלו נהגו כדברי חז"ל עד היום מאז ומעולם, ואף הקייסים טוענים ששכחו את אופן קיום מצוות אלו לאורך הדורות. (הרב שמשון לוינגר)
בימי בית ראשון "ספר תורה שלם" היווה קודש עליון שנשאר בקודש הקודשים. נהגו לכתוב פרשיות מן התורה ולקרוא מהם, כולל פרשת תפילין ומזוזות.
רק מהפכת עזרא הסופר להוציא ולקרוא בספר התורה הכתוב בכתב אשורי, שינה את מנהג כתיבת פרשיות והשאיר רק את כתיבת פרשיות תפילין ומזוזה המפורשים בפסוק. ביתא ישראל החמירו בתקנת עזרא ולא התירו כתיבת פרשיות כלל. הם קראו בתורה בחגים בלבד ודאגו שקייס ישלים לבדו בכל הוצאת ספר תורה, מבראשית עד לעיני כל ישראל. (הרב יואל בן נון)
הקהילה היהודית האתיופית לא הכירה כלל את מצוות התפילין.
אולם יש הטוענים שבתקופה קדומה הניחו תפילין. על פי אחת האגדות של יהודי אתיופיה, היהודים לא הורשו לקיים את מצוות התורה במשך ארבעים שנה. מפאת הגזירות, מצוות רבות נשכחו וגם חכמי הקהילה לא הצליחו לשחזרן, ובין המצוות שנשכחו היתה גם מצוות התפילין. כך האמין סבי, אבא דג'ן (גדעון) מנגשה זצ"ל. הוא אמנם נהג לקשור על זרועו תפילין קטנות (לא שחורות), שהיו נראות כקמע שבתוכו קלף. הוא נהג ללכת עם אותן התפילין במשך כל היום. מנהגו של סבי הוא בחינת "תנא דמסייע" לטענה שיהודי אתיופיה קיימו בעבר את מצוות התפילין, בצורה מסוימת.
מנגד, יש מבני הקהילה שטוענים שמעולם לא הכירו את מצוות התפילין. דעה זו מקובלת גם על זקני הקהילה. העובדה שהנחת התפילין לא היתה מוכרת כלל בעולמה של קהילה שגלתה כבר בתקופת הבית הראשון, מעוררת שאלות רבות על ההיסטוריה של מצוות התפילין.
במחקר הארכיאולוגי לא נמצא זכר לתפילין מזוזות וציצית בתקופת האבות, יציאת מצריים, כיבוש יהושע מלכות דויד ושלמה .
מדוע לא נהגו ביתא ישראל בציצית תפילין ומזוזה?
האם היעדר קיום מצוות אלו במסורת העדה מגלה טפח אודות אופן התפתחותם במסורת חז"ל?